专家确定南非出现的新冠病毒变异-目前已知情况

南非Covid变体

作为南非研究人员团队我们发现了一个新的世系SARS-CoV-2,病毒引起新型冠状病毒肺炎。一个谱系代表了一种遗传不同的病毒群体共同祖先。基于显着改变的属性,该病毒可以将该病毒指定为变体,但首先我们需要更好地理解它。到目前为止,我们的调查结果将在非同行预审区中列出

在该国的所有省份发现了新的血统,分配了名称C.1.2。虽然它与其他变体分享了一些突变,但在某些方面有所不同。

病毒一直在变异。有时突变会给病毒带来额外的好处,比如增加传播能力。但通常突变对病毒没有任何好处。所以更多的突变并不总是意味着我们,它的宿主的麻烦。

对于C.1.2,还有很多未知。例如,现在判断这些突变是否会影响传播性或疫苗效力还为时过早。

南非基因组学监测网络一直监测变更在SARS-CoV-2疫情中。南非是全球首批引入系统和协调的基因组监测的国家之一,对来自不同地理区域和不同时间的患者样本的SARS-CoV-2基因组进行测序。

研究结果为了解SARS-CoV-2是如何以及何时被引入国家,进早期蔓延。该网络还在进行测序病毒基因组以确定新的开发特定关注的病毒谱系。

2020年晚些时候,该网络检测到了现在被称为关注的变体最近观察到,几乎是实时,到达和快速的“南非达到的”接收“。

众所周知,还有什么不知道

我们从全国各地的诊断实验室中选择患者样本,并对病毒基因组进行测序分析。然后我们将这些序列与之前和其他地方看到的序列进行比较。这很像一个游戏,你可以在几乎相同的图片之间找到不同。

我们正在寻找SARS-CoV-2的区别。当我们发现许多不同之处,或者在某些特别重要的地方,比如病毒的峰值,我们会特别注意。然后,我们将观察这种特定病毒出现的频率和地点——在该国的一个区域或多个区域,仅在南非或世界其他地区。我们还监测它是否随着时间的推移而增加,这将表明它正在取代以前的版本的病毒。

当我们对病毒进行排序并将其与其他SARS-CoV-2病毒进行比较时,它会根据最匹配的病毒被分配一个名称。然后我们观察病毒和与之匹配的病毒,看看它们彼此有多相似。如果我们发现了很多不同之处,这可能是一个新世系的迹象。

2021年5月我们首先检测到这是南非一组相关SARS-CoV-2病毒的突变组,被划分为C.1.2谱系。到目前为止,从2021年5月至8月,所有省份均检测到C.1.2。然而,它发生的频率相对较低,尽管我们看到这一血统随时间的推移有小幅度的增加,但它们仍然非常低。

这种谱系具有在其他SARS-COV-2变体中看到的基因组内的突变。

该网络在7月向世界卫生组织(WHO)和南非国家卫生部发出了这一警报。我们的第一个发现和通知之间的两个月来自漫长的测序和分析过程。此外,突变病毒不时出现,但许多会再次消失。因此,我们需要监测这一特定的病毒,看看它是否会在其他地区被检测到。只有当我们开始在其他省份发现它,当其他国家也报告它时,我们才觉得我们有足够的证据表明一个新的谱系。

该监测网络正在继续监测全国各地这种血统的频率,并帮助其他非洲国家也这样做。同时,测试评估功能的突变影响港口正在进行中——例如,如何抗体在人接种疫苗或感染之前中和新病毒,它是如何繁殖的细胞培养与其他病毒变体相比,等等。

病毒尚未履行谁被归类为的标准兴趣的变化或关心的变化。感兴趣的变体具有影响重要病毒特征的遗传变化(传染性,疾病严重程度,免疫,诊断或治疗逃逸)以及对全球公共卫生风险的流行病学影响。令人担忧的变体是最糟糕的类别 - 它是一种变异,其变异有验证的传播性和/或毒力和/或公共健康或医疗工具(如疫苗,治疗和测试)的效果降低。

德尔塔是一个很好的例子,它说明了一种不同的担忧迅速在全球流行病中占据主导地位,在许多国家造成了大浪潮,包括那些有先进的疫苗推广计划的国家。

C.1.2谱系与所有其他令人担忧的变体共享一些常见突变,包括β,λ和δ变体。但新血统有许多额外的突变。

的影响

我们仍在收集更多数据以了解这种谱系对传播性和疫苗的影响。

SARS-COV-2像所有病毒一样,随着时间的推移,通常是一种提供病毒某种优势的方式。C.1.2谱系中的一些突变在其他人的感兴趣或关注的其他SARS-COV-2变体中出现。但我们仍然没有完整的照片。它将采取持续彻底监测的组合(特别是考虑是否也可能取代当前普遍的Delta变体)和基于实验室的研究,以表征其性质。

基于我们目前对这一特殊谱系中的突变的了解,我们怀疑它可能能够部分逃避免疫反应。然而,尽管如此,基于我们现在所知道的情况,我们的观点是,疫苗仍将提供高水平的预防住院和死亡。

我们预计,无论病毒在哪里传播,新的变种都会继续出现。疫苗接种对于保护我们社区中住院和死亡风险高的人、减轻卫生系统的压力并帮助减缓传播仍然至关重要。这必须与所有其他公共卫生和社会措施相结合。

因此,我们建议公众继续保持警惕,并继续遵循Covid-19议定书,包括所有共用空间和戴着鼻子,嘴巴和下巴的戴口罩的良好通风。这些非药物干预措施是仍然显示无论变体如何,都可以防止SARS-COV-2的扩散。

我们也认为突变系不太可能影响PCR检测的敏感性。这些检测通常会检测到至少两个SARS-CoV-2基因组的不同部分,在其中一个基因组发生突变的情况下,这些基因组作为备份。目前正在进行研究,以评估诊断检测的意义。

为什么需要警惕

南非基因组监测网络将国家卫生实验室服务和私人COVID-19检测实验室与学术测序中心连接起来。这种合作使南非专家能够迅速生成和分析序列数据,为区域和国家应对提供信息。

截至2021年8月底,delta变体占南部非洲序列的90%以上。但只要病毒能在人与人之间传播、繁殖并传播下去,病毒的进化就在继续。因此,有必要继续监测其演变,及早发现新的有问题的性质并采取对策,在可能的情况

写的:

  • 沃尔夫冈教授 - 斯泰伦博斯大学医学病毒学部门
  • Cathrine Schepers - Witwatersrand大学的高级医学科学家
  • Jina Bhiman - 国家传染病研究所(NICD),国家传染病研究所的主要医学家
  • Marietjie Venter -负责人:人畜共患、虫媒病毒和呼吸道病毒项目,教授,比勒陀利亚大学医学病毒学系
  • Penny Moore -读者,威特沃特斯兰德大学CAPRISA研究助理,国家传染病研究所病毒-宿主动力学DST/NRF sari主席
  • Tulio de Oliveira -主任:夸祖鲁-纳塔尔大学KRISP -夸祖鲁-纳塔尔研究与创新测序平台

披露声明

Wolfgang Preiser教授获得南非医学研究委员会和其他科学资助者的资金。他在南非的Covid-19疫苗(VMAC)上致力于南非部长级咨询委员会。

作为COVID-19应急应对措施的一部分,Jinal Bhiman获得南非国家卫生部的资金;国家卫生实验室服务的国家传染病研究所与美国疾病控制和预防中心之间的合作协议;非洲实验室医学学会(ASLM)和非洲疾病控制和预防中心通过比尔和梅林达·盖茨基金会的分奖;英国外交、联邦和发展办公室和惠康;南非医学研究理事会和南非科学和创新部;联合王国卫生和社会保健部,由弗莱明基金管理,并在非洲卫生和社会保障项目的主持下开展。她隶属于国家传染病研究所和威特沃特斯兰德大学;并担任世界卫生组织病毒进化技术咨询小组成员。

Marietjie Venter获得了南非国家研究基金会、欧洲联盟(LEAP-Agri)计划、南非国家研究基金会、欧洲联盟(LEAP-Agri)计划和南非国家研究基金会的资助。德国联邦教育和研究部;和国家卫生实验室服务研究基金会的无关研究。她目前受雇于比勒陀利亚大学。她曾担任世界卫生组织临时顾问。这里所表达的观点是作者的观点,并不反映资助者或雇主的观点。

彭妮·摩尔得到了国家研究基金会、南非医学研究理事会和美国国立卫生研究院的资助。

Tulio de Oliveira不为任何可能受益于本文的公司或组织工作、提供咨询、持有其股份或接受其资助,而且他也没有透露除学术任命以外的任何相关关系。它得到了南非医学研究理事会和科学与创新部的资助。

catherine Scheepers不为任何公司或组织工作、咨询、持有股份或接受资金,这些公司或组织将受益于本文,并没有披露除学术任命以外的任何相关附属机构。

本文首次出版谈话谈话

1条评论关于“专家发现南非新型冠状病毒变异-目前所知”

  1. 霍华德·杰弗里·本德博士|9月3日,2021年9:53 AM|回复

    和迄今为止所有变种一样,C.1.2的差异在于其外壳上的蛋白质突起。我对其相对于其他变种的感染能力的检查(见下一段)是,C.1.2是最弱的,更接近那些与普通感冒有关的冠状病毒。

    所有的冠状病毒及其变体都有不同的蛋白质峰值,其中德尔塔有一种更有效地绕过疫苗。但真正的问题在于病毒本身,而不是它的蛋白质外壳,以及为什么最危险的(中东呼吸综合征、非典和Covid-19)传染性如此强。我的独立研究发现所有冠状病毒和人类基因组之间有多个百万分之一的核苷酸序列匹配。这些序列与人类tRNA的一些循环相同。利用这些环和它们的氨基酸密码匹配,病毒可能能够骗过细胞核膜,让病毒进入并与人类DNA结合,为进一步感染创造更多机会。我们的免疫系统可能会受损,可能不再能够阻止病毒和其他疾病攻击全身器官。根据达尔文效应,攻击病毒蛋白质外壳而忽略其内容的疫苗注定会失败,但认识到这些循环,为成功研制冠状病毒疫苗提供了一种可能的方法。在我的工作中,只考虑了感染过程,而没有考虑病毒的固有毒性。想了解更多信息,请查看YouTube,冠状病毒-利用你的DNA对抗你。https://www.youtube.com/watch?v=8dOIzD6ch8s

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